Erstmalig erwähnt wurde die Margarethenkirche im Jahre 1064. Um das Jahr 1350 bekamen die Zisterzienserinnen das Patronatsrecht über die Margarethenkirche. Zu den Pflichten eines Patrons gehört die Kirchenbaulast am Kirchengebäude und mitunter am Pfarrhaus, oft auch die Besoldung des Pfarrers und anderer Amtsträger der Kirche. Im Jahr 1495 bekam die Margarethenkirche eine Orgel. Beim großen Stadtbrand im Jahr 1632 wurden das Innere des Pfarrhauses und der Kirche St. Margareten erheblich zerstört. Sie war seit 1675 die Grablege der herzoglichen Familie Sachsen-Coburg-Altenburg. Fertiggestellt wurde das große Grabmal der Herzogsfamilie im Jahr 1728. Ein Höhepunkt der Kirche war sicherlich das deutsche Musikfest im Jahr 1812 wo der Komponist und Pianist Carl Maria von Weber mitwirkte. Die Leitung hatte der Gothaer Hofkapellmeister Louis Spohr. Der Kirchenchor der Margarethenkirche gründete sich im Jahr 1896. Im ersten Weltkrieg wurden wie vielerorts die Bronzeglocken beschlagnahmt und fünf Jahre später durch ein Geläut aus Stahl ersetzt. 1944 beschädigten Luftminen die Margarethenkirche, vor allem den Turm, während das benachbarte Pfarrhaus mit dem Gemeindesaal nicht mehr zu retten war. In den fünfziger Jahren wurden romanische Fundamente freigelegt. Die Margarethenkirche wurde innen restauriert und hat seitdem spätgotische Prägung. Im Jahr 1961 wurde eine Schuke-Orgel (Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt GmbH) geweiht, wodurch eine rege Konzerttätigkeit zur Tradition werden konnte. In den Jahren 1989 bis 1991 wurde die Margarethenkirche umfangreich rekonstruiert.