Die St. Johannes der Täufer Kirche wurde erstmals im Jahr 1003 urkundlich erwähnt. Der Markgraf Heinrich II. von Schweinfurt zerstörte die Stadt Kronach, nachdem ihn die Truppen Kaiser Heinrichs II. geschlagen haben. Daraufhin wurden die Besitztümer des Markgrafen an andere freie Herren als Lehen gegeben. Das Herrschaftsgut Kronachs wurde später dem Kaiser Heinrich IV. übertragen. Heinrich V. hat dieses väterliche Erbgut nach Beendigung des Investiturstreites dem "Altare des hl. Petrus und dem Altare des hl. Georg in Bamberg" geschenkt, also dem Fürstbischof Otto dem Heiligen und dem Bamberger Domkapitel. Im Jahr um 1130 wurde die Ortschaft Kronach durch den Bamberger Bischof Otto I. neu gegründet. Aufgrund der sich schnell entwickelnden Ortschaft wurde der Sitz eines Archidiakonates bereits im Jahr 1150 errichtet. Zu dieser Zeit muss es aber bereits eine Kirche in Kronach gegeben haben. Dies ergibt sich aus der Errichtung des Archidiakonates und aufgrund eines Ablaßbriefes aus dem Jahr 1404. Darin wird um Erneuerung des Hauptbaus der Kirche geworben, da dieser infolge zu hohen Alters eingestürzt war.
Die Pfarrei in Kronach wird erstmals am 29. Juli 1180 urkundlich erwähnt. In diesen Schreiben stand geschrieben, dass Bischof Otto II. in seinem Palaste zu Bamberg an das Kloster Langheim die Dörfchen Posseck, Richzendorf und Reitsch übertragen hat. Nach alten Überlieferungen gehörte auch die Pfarrei St. Johannis in Kronach zum Herrschaftsgut. Durch die Urkunde vom 28.04.1256 wurde die Pfarrei St. Johannis durch Bischof Heinrich dem Domkapitel einverleibt.